Houve uma vez uma Guerra do Santo Graal travada por Magos e Espíritos Heróicos na cidade de Fuyuki. No entanto, um Mago se aproveitou do caos da Segunda Guerra Mundial para roubar um Santo Graal. Várias décadas se passaram e a família Yggdmillennia, que assumiu o Santo Graal como seu símbolo, desertou da Associação de Magos. Furiosa, a Associação mandou forças para lidar com a Yggdmillennia, mas foram derrotados. Com o sistema do Santo Graal alterado, uma guerra de escala sem precedentes surge.