A história tem início no ano de 1937, pouco antes da 2ª Guerra Mundial, e traz como destaque uma misteriosa organização de treinamento de espiões conhecida como “Agência D”, que fora estabelecida pelo tenente-coronel Yuuki da Armada Imperial Japonesa. Seus ideais o levaram a recrutar pessoas que vão além dos graduandos da academia militar e funcionários da armada imperial, tendo como intuito treina-los para que se tornem agentes especializados na arte de manipulação.