Free! gira em torno de Haruka Nanase, um rapaz que sempre gostou de estar na água e nadar. Antes de se formar na escola primária, ele participou junto com seus colegas do clube de natação (Makoto Tachibana, Hazuki Nagisa e Rin Matsuoka) de um torneio. Após vencerem, cada um seguiu seu caminho individualmente. O tempo passa, e no meio de suas vidas pacatas no ensino médio, Rin surge e desafia Haruka para uma competição, mostrando a ele todo seu poder. Ele aceita o desafio do ex-companheiro e começa pensar numa estratégia para vencê-lo. Haruka então se reúne com Makoto, Hazuki e o novato Rei Ryugazaki, e formam o clube de natação do colégio Iwatobi. Haruka, Makoto Nagisa, Rei e Rin farão parte de uma história sobre natação, juventude e amizade.